工业显微镜，顾名思义，主要是应用在工业上，而工业上的应用主要就是观测材料，工业材料大部分非透明的，比如金属、复合材料、电子半导体器件。
生物显微镜主要应用于生命科学领域，观测的主要是细胞、病菌、组织等等，绝大多数是透明物体。
与生物显微镜不同，工业用电子显微镜多用于观察非透明的样品，因此主要采用反射照明，主机机身上搭载有反射照明器。观察方式主要包括：明视场、暗视场、微分干涉、偏光、荧光等。
那么，工业用电子显微镜的应用范围有哪些？
1.电子工业：印刷电路及组成安装，产品质量控制及筛查，返工及焊接
2.精密工程、塑料业：产品质量控制及筛查微焊接，微加工，注入浇铸
3.医疗、牙科器材制造业：精加工，安装，精细修整，颜色匹配，返工检修
4.生物医学：样本制备，样本解剖，镜检操作，样本染色
5.测量系统